Izsa jelentős régészeti lelőhely. A község nevét 1172-ben említik, majd 1268: Isa, 1291: Ysa, 1786: Isoha, 1808: Izsa alakban. Izsához két település tartozott, délről Harcsás (1397: Harchas) és keletről Bokros (Bokros 1696). A területet már az újkőkorban is lakták. A gazdag leletek a rézkori megtelepedésről is tanúskodnak. A feltárások során Észak-pannon temetőt, a dákok kultúrájának maradványait, valamint római katonai tábort is feltártak. Közvetlenül a Duna partján fekszenek egy római erőd maradványai (i.sz. 4. század második fele), valamint egy 9. századi szláv temető.
A Duna vízgyűjtőjén talált régészeti leletek bizonyítják, hogy ezt a területet már a kőkorszakban is lakták. I.e. 2900 és 600 között alakult ki az újkőkor. A vadászat és a halászat mellett elkezdtek földet művelni és állatokat tartani. Az i.e. II. évezredben Közép-Európában megismerték a bronzkészítést. A késő bronzkorban alakult ki a jellegzetes dunai kultúra, amelyet a történészek „mészbetétes kerámiának” neveznek.