Hlavná budova Podunajského múzea sa nachádza na Palatínovej ulici v budove Kultúrneho paláca z roku 1913. Je jedným z najdôležitejších centier maďarskej kultúry na Slovensku a tiež sa môže pochváliť najbohatšou rímskou zbierkou, zbierkou krojov, textílií a keramiky. V zbierke sa nachádzajú charakteristické súčasti krojov, predovšetkým maďarského etnika. Za zmienku stoja aj predmety dokumentujúce dunajský rybolov, ryžovanie zlata ako aj život a prácu komárňanských povozníckych gazdov.
Jednu z čelných stien reprezentačnej sály múzea zdobí rozmerná olejomaľba maďarského realistického maliara Árpáda Fesztyho (1856 -1914) Bitka pri Bánhide, namaľovaný v rokoch 1897-98. Na protiľahlej čelnej stene je mimoriadne cenná baroková mestská maliarska veduta od Karla Friedla, znázorňujúca veľké zemetrasenie v Komárne v roku 1763. Okrem týchto dvoch dominantných obrazov zdobia steny reprezentačnej sály portréty historických osobností.
Medzi stále expozície múzea patria:
- Historický vývoj Komárna a jeho regiónu od prehistorických čias až do roku 1849, ako aj etnografické charakteristiky regiónu – Expozícia sa člení na tri časti: archeologickú, historickú a etnografickú.
- Expozícia Károlya Harmosa z Komárna – pôsobil ako maliar, výtvarný pedagóg a organizátor kultúrneho a umeleckého života v Komárne v medzivojnovom období.
V súčasnosti jeho základným poslaním je na základe prieskumu a vedeckého výskumu cieľavedome zhromažďovať, vedeckými metódami zhodnocovať, odborne spravovať a ochraňovať, vedecky a kultúrno-výchovne využívať hmotné i nehmotné doklady a dokumenty o vývoji a súčasnom stave spoločnosti na území okresu Komárno, ako aj o vývoji prírody južnej časti Podunajskej nížiny v okresoch Komárno a Nové Zámky. V rámci užšej špecializácie sa múzeum zameriava na históriu, národopis a dejiny kultúry maďarskej národnostnej menšiny , na výskum a dokumentáciu interetnických vzťahov na území Nitrianskeho samosprávneho kraja ako aj na výskum a dokumentáciu rímskych pamiatok v okrese Komárno.
